Aspyn Palatnick lleva a cabo el primer laboratorio de genética móvil del mundo en la jornada de puertas abiertas del 125 aniversario de Cold Spring Harbor Laboratory. La combinación de la nueva aplicación para iPhone, iGenomics, un analizador de ADN y MinION de tamaño USB de Oxford Nanopore, un secuenciador de ADN, hace que el análisis del genoma sea portátil y accesible. Crédito: CSHL
Los científicos del Laboratorio Cold Spring Harbor (CSHL) desarrollaron el primer analizador de secuencia del genoma móvil del mundo, una nueva aplicación para iPhone llamada iGenomics. Vinculando un iPhone con una computadora de mano ADN secuenciador, los usuarios pueden crear un laboratorio de genética móvil, que recuerda al “tricorder” presentado en Star Trek. La aplicación iGenomics se ejecuta completamente en el dispositivo iOS, lo que reduce la necesidad de computadoras portátiles o equipos grandes en el campo, lo cual es útil para los trabajadores de la ecología y las pandemias. Aspyn Palatnick programó iGenomics en el laboratorio del profesor adjunto adjunto de CSHL Michael Schatz, durante un período de ocho años, comenzando cuando era un pasante de secundaria de 14 años.
La aplicación para iPhone se desarrolló para complementar los diminutos dispositivos de secuenciación de ADN que fabrica Oxford Nanopore. Palatnick, ahora ingeniero de software en Facebook, ya tenía experiencia en la creación de aplicaciones para iPhone cuando se unió al laboratorio de Schatz. Él y Schatz se dieron cuenta de que:
“A medida que los secuenciadores continuaban haciéndose más pequeños, no había tecnologías disponibles que le permitieran estudiar ese ADN en un dispositivo móvil. La mayor parte del estudio del ADN: alineación, análisis, se realiza en grandes clústeres de servidores o en portátiles de alta gama “.
Aspyn Palatnick, de 15 años, aprendió los conceptos básicos del análisis del genoma en el laboratorio de Michael Schatz en Cold Spring Harbor Laboratory en 2013. Crédito: CSHL
Schatz reconoció que los científicos que estudiaban las pandemias estaban “volando en maletas llenas de nanoporos y computadoras portátiles y otros servidores para hacer ese análisis en los campos remotos”. iGenomics ayuda a que los estudios del genoma sean más portátiles, accesibles y asequibles.
Los usuarios pueden secuenciar datos con AirDrop entre sí, lo que permite el análisis de ADN en las ubicaciones más remotas, incluso en aquellas sin acceso a Internet. iGenomics pronto podría incluso llegar a manos de los astronautas, describe Schatz:
“Hay mucho interés en secuenciar el ADN en el espacio. Estoy tratando de ver si hay alguna manera de que iGenomics llegue allí. Hay mucha gente interesada en hacer eso. Es un verdadero testimonio de cómo sería imposible hacer, ya sabes, cualquier tipo de análisis en computadoras normales. Es simplemente imposible traerlos contigo “.
En el diario Gigascience, Palatnick y Schatz informan que el algoritmo iGenomics puede mapear rápidamente secuencias de ADN de patógenos virales, como el virus de la gripe o el virus Zika, e identificar mutaciones importantes para el diagnóstico y el tratamiento. También proporcionan un tutorial en línea para analizar otros genomas virales, como los de un SARS-CoV-2 paciente.
Schatz sueña que este dispositivo ayudará tanto a los trabajadores de campo como a los científicos ciudadanos:
“Hoy en día, todos llevamos cámaras profesionales en nuestros bolsillos, por lo que no es tan difícil imaginar que en los próximos años todos llevemos nuestros propios secuenciadores de ADN en nuestros teléfonos inteligentes. Hay tantas oportunidades para realizar mediciones de nuestro medio ambiente y buscar patógenos, tal vez incluso hacer escaneos de usted mismo “.
Referencia: 7 de diciembre de 2020, Gigascience.
DOI: 10.1093 / gigascience / giaa138
